El Centro se organizará internamente en ocho departamentos:

Dirección. Planificación y coordinación.
Gerencia. Organización y financiación.
Escuela de acogida y elaboración ética. Didáctica y logística.
Investigación. Análisis y proyectos.
Proceso de paz. Asesoría y propuestas.
Educación para la paz. Materiales didácticos y proyectos.
Internacional. Análisis y proyectos.
Comunicación. Web, medios de comunicación y publicaciones.