El Centro por la paz Baketik se inserta dentro de los fines y estructura de la Fundación Arantzazu Baketik, constituyendo el proyecto central de la misma, al englobar, representar y servir de cauce para el desarrollo de todos sus fines fundacionales. La Fundación Arantzazu Baketik ha sido impulsada por los franciscanos. Los franciscanos están presentes en el Centro por la paz a través del Patronato cuyos integrantes son elegidos por los fundadores. Desde este órgano, participan en las grandes decisiones. Sin embargo, no intervienen en la gestión de los distintos proyectos, ni en las decisiones de su día a día. El Centro y su dirección tienen autonomía para funcionar y trabajar según el proyecto aceptado.

Los órganos que articulan la estructura de Baketik son: el Patronato de la Fundación, el Consejo Rector, el Comité Asesor y la Dirección del Centro.

·El Patronato. Es el máximo órgano de gobierno de la Fundación, regula el funcionamiento general de Baketik, supervisa el cumplimiento de los fines fundacionales, y debe aprobar los presupuestos, las contrataciones y las designaciones de los órganos de gobierno. Está compuesto por aquellas personas que decidan los fundadores.

·El Consejo Rector. El Patronato de la Fundación delega el seguimiento del gobierno del Centro por la paz en un Consejo Rector de composición plural. Está compuesto por doce miembros, además del Director y el Gerente. El Consejo rector hace seguimiento del proyecto del Centro por la paz por delegación del Patronato. La composición de este órgano trata de responder a una amplia pluralidad de genero, edad, procedencia, disciplinas, identidades nacionales o sensibilidades políticas. Se reunirá, al menos, cuatro veces al año. Aprueba, modifica o desestima los planes de trabajo y colaborará en su buen desarrollo.

Las personas que integran el Consejo Rector son:

Mikel Hernansanz
Ramon Mugica
Juan Mari Ollora
Gorka Landaburu
Maria Oianguren
Arantxa Urretabizkaia
Marije Goikoetxea
Itziar Hernandez
Paul Ortega
Maite Aristegi
Eduardo J. Ruiz Vieytez
Malen Gordoa

·El Comité Asesor. Está compuesto por un grupo de personalidades plurales y tendrá un carácter consultivo. Apoya y asesora al Director y al Gerente en la preparación de los proyectos anuales o plurianuales. Se reúne, al menos, una vez al año y siempre que el Director lo solicite.

Las personas que integran el Comité Asesor son:

Federico Mayor Zaragoza
Iñaki Gabilondo
Miguel Herrero de Miñón
Victoria Camps
José Antonio Marina
José Saramago
Matteo Zuppi
Anjel Lertxundi
Daniel Innerarity
Massimo Reschiglian

·La Dirección. El patronato designa al Director y al Gerente del Centro que compondrán la Dirección. Eventualmente pueden sumarse al equipo directivo otros cargos de responsabilidad. La Dirección del Centro trabaja bajo la supervisión del Consejo Rector y cuenta con el Comité Asesor. El Director dirige el proyecto de Baketik, presenta ante el Patronato los proyectos de trabajo anuales o plurianuales, los presupuestos, las propuestas de contratación de personal y la aprobación de gastos no previstos. Elabora y presenta ante el Consejo Rector los planes de trabajo trimestrales o semestrales del Centro.