Zentroaren barne antolamendua zortzi departamentuetan banatuko da:
Gerentzia. Antolamendua eta finantziazioa. Barneratze eta lantze etikorako eskola. Didaktika eta logistika. Ikerketa. Azterketa eta proiektuak. Bake prozesua. Aholkularitza eta proposamenak. Bakegintzarako Hezkuntza. Material didaktikoak eta aholkularitza. Nazioartea. Azterketa eta proiektuak. Komunikazioa. Argitalpenak eta komunikabideak.