Arantzazu Baketik Fundazioaren helburu eta egiturarekin bat egiten du Bake Zentroak, eta haren xede guztien ardatza da, Zentroa baitute ordezkari, bide eta biltoki Fundazioaren helburuek. Frantziskotarrek bultzatu dute Arantzazu Baketik Fundazioaren sorrera. Patronatuaren bidez dituzte ordezkariak frantziskotarrek Bake Zentroan. Zentroaren sortzaileek hautatuko dituzte Patronatuko kideak. Organo horren bidez hartzen dute parte erabaki garrantzizkoenetan. Alabaina, ez dute parte-hartzerik proiektuen kudeaketan, ezta eguneroko jardunari dagozkion erabakietan ere. Lanerako autonomia dute bai Zentroak bai haren zuzendaritzak, betiere proiektuaren irizpideak aintzat harturik.

Organo hauek ditu Baketik-en egiturak: Fundazioaren Patronatua, Aginte Kontseilua, Aholku Batzordea eta Zentroko Zuzendaritza.

Patronatua. Fundazioko aginte-organorik gorena da. Baketik-en funtzionamendu orokorra arautzen, Fundazioaren helburuak betetzen diren behatzen eta aurrekontuak, kontratazioak eta aginte organoetarako izendapenak onartzen ditu. Fundazioaren sortzaileek izendatuko dituzte Patronatuko kideak.

Aginte Kontseilua. Fundazioko Patronatuak Aginte Kontseilu baten esku uzten du Bake Zentroaren funtzionamendua. Hamabi lagun ditu, zuzendariaz eta gerenteaz gain. Aginte Kontseilua arduratzen da Zentroaren proiektuaren segimendua egiteaz, bere esku utziko baitu Patronatuak zeregin hori. Organo horren osaera ahalik eta anizkoitzena izaten saiatzen da, genero, adin, jatorri, jakintza-arlo, nortasun nazional eta irizpide politikoei dagokienez. Urtean lau aldiz, gutxienik, batzartuko da. Lanerako planak onartu, aldatu edo atzera botako ditu, eta planak aurrera eramaten lagunduko du.

Aginte Kontseilua osatzen duten pertsonen zerreda hauxe da:

Aholku Batzordea osatzen duten pertsonen zerrenda hauxe da:

Zuzendaritza. Patronatuak izendatzen ditu Zentroko zuzendaria eta gerentea (zuzendaritza). Hala behar izanez gero, beste aginte kargudun batzuk ere gehitu ahal izango zaizkio, premien arabera. Aginte Kontseiluaren ikuskaritzapean aritzen da Zentroko zuzendaritza, eta Aholku Batzorde bat dauka. Zuzendariak gidatzen du Zentroaren proiektua, eta urteko edo hainbat urtetarako lan proiektuak, aurrekontuak, langileen kontratazio proposamenak eta aurreikusi gabeko gastuak aurkeztuko dizkio Patronatuari. Horrez gain, hiruhileko edo seihileko bakoitzeko lan plangintzak prestatu eta aurkeztuko dizkio Aginte Kontseiluari.